С 1973 г. является генеральным конструктором ОКБ. С 1992 г. - генеральный конструктор корпорации, созданной на базе Авиационного научно-технического комплекса (АНТК) им. А.Н. Туполева и завода Самары.
Под руководством Алексея Туполева заканчивалось создание сверхзвукового пассажирского лайнера Ту-144. В начале 70-х на базе Ту-144 проектируется стратегический бомбардировщик "160", однако под нажимом ВВС в дальнейшем вместо него было решено разработать полностью оригинальный самолет Ту-160.

19 декабря 1981 сверхзвуковой стратегический бомбардировщик Ту-160 совершил первый полет, а в 1988 он был продемонстрирован министру обороны США на аэродроме Кубинка. В 1979 взлетает носитель крылатых ракет Х-55 Ту-95МС, созданный на базе Ту-142М.
Являлся генеральным конструктором одноступенчатого многоразового воздушно-космического самолета (ВКС), известного как проект "Буран" (Ту-2000 ?).
Массовый магистральный самолет Аэрофлота Ту-154 после модернизации и установки новых двигателей Д-30КУ получил марку Ту-154М. 15 апреля 1988 совершил первый полет экспериментальный самолет Ту-155, для которого ОКБ Н.Д.Кузнецова разработало водородный двигатель НК-88. В начале 1989 взлетел среднемагистральный Ту-204. В марте 1992 на Казанском авиапромышленном объединении (КАПО) им.Горбунова началось серий ное производство Ту-204-200.

А.А.Туполев Доктор технических наук, профессор. Он Герой Социалистического Труда, лауреат Ленинской премии, лауреат Государственной премии СССР, награжден тремя орденами Ленина, орденами Трудового Красного Знамени, "Знак Почета".